jaBuT Backup bietet insgesamt acht verarbeitungsmodi an. Diese sind nachfolgend aufgelistet und erklärt:

Einfache Kopie
Bei der Einfachen Kopie werden Quell- und Zielverzeichnis verglichen. Die Quelldaten werden nur kopiert, wenn sie aktueller sind als die Zieldaten oder die Zieldaten nicht vorhanden sind.
Veraltetete Daten im Zielverzeichnis werden nicht gelöscht.

Exakte Kopie
Der Modus „Exakte Kopie“ vergleicht wie der Modus „Einfache Kopie“ das Quell- und Zielverzeichnis. Dieser kopiert Daten vom Quell- ins Zielverzeichnis, sollten die Quelldaten aktueller oder Zieldaten nicht vorhanden sein.Veraltetete Daten im Zielverzeichnis werden gelöscht [1].

Verschieben
Dieser Modus vergleich Quell- und Zielverzeichnis. Quelldaten werden nur verschoben, wenn diese aktueller sind oder diese im Zielverzeichnis nicht vorhanden sind.

Exakt verschieben
Quell- und Zielverzeichnis werden verglichen. Quelldaten werden nur verschoben, wenn diese aktueller sind oder diese im Zielverzeichnis nicht vorhanden sind.
Veraltetete Daten im Zielverzeichnis werden gelöscht [1].

Komprimieren
„Komprimieren“ bedeutet, Daten in einer Datei, einem Archiv, zusammenzufassen und bestenfalls die Größe zu verringern.
Dieser Modus komprimiert alle im Quellverzeichnis vorhandenen Daten. Das Archiv wird im Zielverzeichnis gespeichert [1].

Exakt komprimieren
Dieser Modus komprimiert alle im Quellverzeichnis vorhandenen Daten. Das Archiv wird im Zielverzeichnis gespeichert [1].
Veraltetete Daten im Zielverzeichnis werden gelöscht [1].

Synchronisieren
Synchronisieren bedeutet, aufeinander abstimmen. Quell- und Zielverzeichnis werden exakt aufeinander abgestimmt. Befinden sich Daten im Quell-, jedoch nicht im Zielverzeichnis, so werden diese ins Zielverzeichnis übertragen. Ebenfalls werden Daten, welche sich im Ziel-, aber nicht im Quellverzeichnis befinden, ins Quellverzeichnis übertragen.

Spiegelkopie
Dieser Verarbeitungsmodus kopiert alle Daten aus dem Quellverzeichnis ins Zielverzeichnis. Falls die Quelldatei auch im Zielverzeichnis vorhanden ist, werden beide Dateien verglichen. Sind beide Dateien gleich, wird die Quelldatei nicht weiterverarbeitet. Obsolete Dateien im Zielverzeichnis werden gelöscht [1].

[1] Daten werden standardmäßig in den Papierkorb verschoben und nicht gelöscht. Dies kann in den Optionen geändert werden.
[2] Archive können den Namen des Quellverzeichnisses (Standard), das aktuelle Datum und die Uhrzeit oder einen frei wählbaren Namen haben.